illegalCreed

中文

English

中文

English

Appearance

参考 ​

基于 google-deepmind/science-skills README、SKILL_LICENSES.md 与 skills/ 编写。

速查 ​

  • 装：npx skills add google-deepmind/science-skills 或 Antigravity 「Build with Google」勾 Science
  • 38 个 skill，按领域分组见下表
  • 每 skill：SKILL.md（YAML frontmatter + 指令）+ scripts/（必）+ references/（可选）+ docs/（可选）
  • 前置：uv（首次自动装）、API key（AlphaGenome/OpenAlex 必须）
  • 软件 Apache-2.0；CC-BY 4.0 文档；各数据库许可异（见 SKILL_LICENSES.md）

38 skill 全表（按领域） ​

结构生物学（4） ​

skill触发一句话
alphafold_database_fetch_and_analyze给 UniProt ID 查结构拉 mmCIF + PAE，自动判 pLDDT/域边界/无序区
foldseek_structural_search找结构同源按折叠而非序列搜
pdb_database想要实验结构RCSB PDB 查询
uniprot_database蛋白注释序列、功能、亚细胞定位

基因组学（9） ​

skill一句话
alphagenome_single_variant_analysis非编码变异对表达/剪接/染色质影响（必须 key）
clinvar_database临床意义（致病/良性/VUS）
gnomad_database群体等位基因频率
dbsnp_databasedbSNP 已知变异（rsID）
jaspar_database转录因子结合 motif
encode_ccres_databaseENCODE 顺式调控元件
gtex_databaseGTEx 组织表达
ensembl_databaseEnsembl 基因组注释、VEP
ucsc_conservation_and_tfbsUCSC 保守性与 TFBS

化学与药物（3） ​

skill一句话
chembl_databaseChEMBL 药物活性化合物
pubchem_databasePubChem 化合物结构与性质
openfda_databaseFDA 不良反应、召回、标签

文献检索（5） ​

skill一句话
literature_search_arxivarXiv 预印本搜索 + PDF/HTML/LaTeX 下载（1 req/3s）
literature_search_biorxivbioRxiv 生物预印本
literature_search_europepmcEurope PMC 全文聚合
literature_search_openalexOpenAlex 开放引用图谱（需 key）
pubmed_databasePubMed 生物医学摘要

序列分析（3） ​

skill一句话
ncbi_sequence_fetchNCBI 核酸/蛋白序列
protein_sequence_msaClustal Omega 多序列比对
protein_sequence_similarity_searchBLAST 相似性搜索

注释与通路（7） ​

skill一句话
interpro_database蛋白结构域与家族
quickgo_databaseGene Ontology 注释
reactome_database生物通路
string_database蛋白-蛋白互作
unibind_databaseTF-基因组结合
human_protein_atlas_database人类组织蛋白图谱
embl_ebi_olsEBI 本体查询

靶点与临床（2） ​

skill一句话
opentargets_database靶点-疾病关联
clinical_trials_databaseClinicalTrials.gov

分子可视化与工具（5） ​

skill一句话
pymolPyMOL 蛋白/分子渲染（OSMesa 软件渲染）
predictingthepast古文本修复/断代/归属（Aeneas 拉丁 · Ithaca 古希腊）
uvuv 包管理器（所有脚本的前置）
credentialsAPI key 安全管理协议
workflow_skill_creator把多步科研流程固化为自定义 skill

各数据库许可摘要 ​

完整列表见仓库 SKILL_LICENSES.md。软件 Apache-2.0 不覆盖这些数据源，使用者需自行合规。

skill上游许可/条款源
alphafold-dbalphafold.ebi.ac.uk
alphagenomedeepmind.google.com/science/alphagenome
gnomadgnomad.broadinstitute.org/policies
clinvarncbi.nlm.nih.gov/clinvar
gtexgtexportal.org/home/license
encode-ccresencodeproject.org/help/rest-api
opentargetsplatform-docs.opentargets.org/licence
pdbrcsb.org/pages/usage-policy
uniprotuniprot.org/help/license
chemblchembl.gitbook.io
pubchempubchem.ncbi.nlm.nih.gov/docs/pug-rest
openfdaopen.fda.gov/license
arxivinfo.arxiv.org/help/api/index.html
openalexdevelopers.openalex.org
reactomereactome.org/license
jasparjaspar.elixir.no/api/
ensembluseast.ensembl.org/index.html
string-dbstring-db.org/cgi/access
human-protein-atlasproteinatlas.org/about/licence
pymolpymol.org

安装与目录结构 ​

bash
# 通用 CLI
npx skills add google-deepmind/science-skills

# Antigravity 路径
设置 → Customizations → Build with Google Plugins → Science
text
science-skills/
├── skills/                              # 38 个 skill 目录
│   ├── alphafold_database_fetch_and_analyze/
│   │   ├── SKILL.md                     # 主指令（YAML frontmatter）
│   │   ├── scripts/                     # 辅助脚本（必）
│   │   └── references/                  # 支撑文档（可选）
│   ├── alphagenome_single_variant_analysis/
│   │   ├── SKILL.md
│   │   ├── scripts/
│   │   ├── docs/                        # API/解读/报告模板
│   │   └── examples/                    # 金标准示例
│   ├── pymol/
│   │   ├── SKILL.md
│   │   ├── scripts/
│   │   └── references/PYMOL_REFERENCE.md, RECIPES.md
│   └── ...                              # 其余 35 个
├── README.md                            # Apache-2.0 + CC-BY 声明
├── SKILL_LICENSES.md                    # 各数据库许可映射
├── LICENSE                              # Apache-2.0 全文
├── CONTRIBUTING.md
└── plugin.json                          # Antigravity plugin 元信息

关键命令 ​

bash
# AlphaFold 结构拉取与分析
uv run scripts/fetch_structure.py P00520 -o /abs/path/
uv run scripts/analyze_plddt.py ./data/AF-P00520-F1-metadata.json
uv run scripts/analyze_pae.py ./data/AF-P00520-F1-predicted_aligned_error_v6.json

# arXiv 搜索 + 下载
uv run scripts/search_arxiv.py --query "ti:attention" --max_results 5
uv run scripts/download_paper.py --id 1706.03762 --format pdf --output attention.pdf

# PyMOL 渲染（OSMesa headless）
uv run render.py    # 必须设 PYOPENGL_PLATFORM=osmesa

关键陷阱 ​

陷阱正确做法
裸 python3/python3 -c一律 uv run（系统 Python 无 pandas/numpy）
直接调数据库 API走 skill 提供的 scripts/，自动 rate-limit
手硬编码 API key用 credentials skill 协议；写 ~/.env
改 Antigravity plugin 目录文件放 ~/.gemini/config/skills/
大蛋白整段做 docking先看 pLDDT，无序区警告后只取有序域
PyMOL 用 cmd.ray()OSMesa 不支持，用 cmd.png()
arXiv 解压源码到工作目录必 mkdir paper_source && tar -xzf ... -C paper_source
忽略 .licenses/ 落盘首次用 skill 必须创建 <skill>_LICENSE.txt

资源链接 ​